Waterpoort werkt met een Bestuurlijke Initiatiefgroep, een ambtelijk Ondersteuningsteam, een Lerend Netwerk en een kernteam dat aangestuurd wordt vanuit de provincie Noord-Brabant.
Het samenwerkingsverband Waterpoort bestaat uit de gemeente Tholen, gemeente Goeree-Overflakkee, gemeente Steenbergen, gemeente Bergen op Zoom, gemeente Moerdijk, gemeente Halderberge, provincie Zeeland, provincie Zuid-Holland, provincie Noord-Brabant, waterschap Brabantse Delta, Rijkswaterstaat, Cosun Beet Company, Rabobank, Brabants Landschap, Het Zeeuwse Landschap, Staatsbosbeheer, ZLTO, IVN, Avans Hogeschool, HZ University, Breda University (BUAS), HAS, Evides, Brabant Water, Hiswa, Sportvisserij Zuidwest Nederland, Koninklijk Nederlands Watersportverbond, Havenbedrijf Moerdijk, Duurzaam Door, Brabantse Wal, Regio West-Brabant, samenwerkende Jachthavens en watersportverenigingen en Zuiderwaterlinie.